区扶贫开发局设下列内设机构：
（一）办公室。组织协调局机关日常工作；负责有关文件的起草、重要会议的组织、政务督办、绩效考核、文秘事务、信息综合、档案、保密、保卫、接待、资产管理、人大代表建议意见(政协委员提案议案)办理工作；负责局机关机构编制、人事工资管理和离退休人员管理服务工作。
（二）财务与统计股。拟订资金财务管理制度，负责移民资金核算管理、监督、检查工作；对扶贫、移民资金和项目的审核、评估及对外委托、实施等过程实施监督；组织有关人员业务培训，开展扶贫、移民资金内部审计、稽查等监督工作，参与扶贫、移民资金、项目开展的审计稽查工作。
（三）移民规划安置及后期扶持股。协助配合编制大中型水利水电工程移民安置规划大纲和移民安置规划；管理全区大中型水利水电工程移民迁建安置实施工作，承办移民安置验收相关工作；处理大中型水利水电工程移民遗留问题；编制大中型水利水电工程移民后期扶持规划和年度计划，并组织实施；组织开展移民后扶项目的申报立项和竣工验收工作；负责移民生产技能和就业技能培训等工作。
（四）扶贫规划及开发指导股（区扶贫开发及革命老区建设办公室）。拟定扶贫开发中长期规划和年度工作计划；组织、协调扶贫开发项目立项、申报和实施工作；建立和管理扶贫开发项目库；承办扶贫开发外援扶贫项目和有关扶贫的国际交流和合作工作；负责联系对口定点扶贫工作；承担特殊类型地区扶贫开发工作，组织、协调和指导连片扶贫区、水库淹没区、革命老区扶贫开发工作；承担贫困地区防灾减灾、灾后恢复重建贫困劳动力转移培训等工作；负责全区贫困监测和统计工作。
（五）政策法规信访股。负责局机关依法行政工作；组织研究起草扶贫、移民工作具体实施办法和政策文件；负责宣传、信息公开和法规政策培训工作；承担局机关行政复议、行政应诉和重要文稿的起草、审核工作；承办有关行政审批事项；承担扶贫、移民信访接待、办转、调查回复、督查督办、综合协调工作，指导全区扶贫、移民有关信访维稳工作。
机关党组织。负责机关和下属事业单位的党群工作。机关党组织办事机构按照区委规定设置。